MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 1023

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017176	A	7	7	12	18	100 %	0 %	0 %	0 %	384358974
2	NC_017176	CAG	2	6	108	113	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358974
3	NC_017176	T	6	6	162	167	0 %	100 %	0 %	0 %	384358974
4	NC_017176	AT	3	6	312	317	50 %	50 %	0 %	0 %	384358974
5	NC_017176	GAA	2	6	518	523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358975
6	NC_017176	TA	3	6	546	551	50 %	50 %	0 %	0 %	384358975
7	NC_017176	AAT	2	6	574	579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358975
8	NC_017176	GAA	2	6	635	640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358975
9	NC_017176	CTT	2	6	649	654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384358975
10	NC_017176	CAATT	2	10	657	666	40 %	40 %	0 %	20 %	384358975
11	NC_017176	A	7	7	743	749	100 %	0 %	0 %	0 %	384358976
12	NC_017176	AGA	2	6	776	781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358976
13	NC_017176	TGC	2	6	802	807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384358976
14	NC_017176	AGA	2	6	854	859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358976
15	NC_017176	AATT	2	8	868	875	50 %	50 %	0 %	0 %	384358976
16	NC_017176	AAT	2	6	876	881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358976
17	NC_017176	TAT	2	6	899	904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358976
18	NC_017176	A	7	7	913	919	100 %	0 %	0 %	0 %	384358976
19	NC_017176	A	6	6	954	959	100 %	0 %	0 %	0 %	384358976
20	NC_017176	AGA	2	6	1016	1021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358976
21	NC_017176	A	7	7	1064	1070	100 %	0 %	0 %	0 %	384358976
22	NC_017176	GAAAA	2	10	1119	1128	80 %	0 %	20 %	0 %	384358976
23	NC_017176	TAT	2	6	1153	1158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358976
24	NC_017176	TGA	4	12	1160	1171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358976
25	NC_017176	CAA	2	6	1402	1407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358977
26	NC_017176	ACT	2	6	1438	1443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358977
27	NC_017176	GGAT	2	8	1444	1451	25 %	25 %	50 %	0 %	384358977
28	NC_017176	TA	4	8	1473	1480	50 %	50 %	0 %	0 %	384358977
29	NC_017176	GGA	2	6	1483	1488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358977
30	NC_017176	AG	3	6	1489	1494	50 %	0 %	50 %	0 %	384358977
31	NC_017176	ATGG	2	8	1516	1523	25 %	25 %	50 %	0 %	384358977
32	NC_017176	TCT	2	6	1669	1674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384358977
33	NC_017176	ATT	2	6	1683	1688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358977
34	NC_017176	TTA	3	9	1865	1873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358977
35	NC_017176	ATC	2	6	1908	1913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358977
36	NC_017176	TGA	2	6	1920	1925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358977
37	NC_017176	TAA	2	6	1985	1990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358977
38	NC_017176	GGGT	2	8	2058	2065	0 %	25 %	75 %	0 %	384358977
39	NC_017176	TAA	2	6	2102	2107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358977
40	NC_017176	CAG	2	6	2180	2185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358977
41	NC_017176	A	6	6	2320	2325	100 %	0 %	0 %	0 %	384358978
42	NC_017176	GTT	2	6	2339	2344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358978
43	NC_017176	GA	3	6	2359	2364	50 %	0 %	50 %	0 %	384358978
44	NC_017176	AT	3	6	2390	2395	50 %	50 %	0 %	0 %	384358978
45	NC_017176	AGA	2	6	2398	2403	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358978
46	NC_017176	A	6	6	2426	2431	100 %	0 %	0 %	0 %	384358978
47	NC_017176	GAA	2	6	2432	2437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358978
48	NC_017176	ATTT	2	8	2460	2467	25 %	75 %	0 %	0 %	384358978
49	NC_017176	ATCT	2	8	2469	2476	25 %	50 %	0 %	25 %	384358978
50	NC_017176	AACTAA	2	12	2527	2538	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384358978
51	NC_017176	AATT	2	8	2544	2551	50 %	50 %	0 %	0 %	384358978
52	NC_017176	ACT	2	6	2554	2559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358978
53	NC_017176	GATA	2	8	2610	2617	50 %	25 %	25 %	0 %	384358979
54	NC_017176	TAA	2	6	2626	2631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358979
55	NC_017176	TA	3	6	2637	2642	50 %	50 %	0 %	0 %	384358979
56	NC_017176	AATAA	2	10	2643	2652	80 %	20 %	0 %	0 %	384358979
57	NC_017176	AGA	2	6	2714	2719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358979
58	NC_017176	GAA	2	6	2751	2756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358979
59	NC_017176	A	6	6	2788	2793	100 %	0 %	0 %	0 %	384358979
60	NC_017176	CTG	2	6	2854	2859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384358979
61	NC_017176	TCA	2	6	2874	2879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358979
62	NC_017176	T	6	6	2882	2887	0 %	100 %	0 %	0 %	384358979
63	NC_017176	ACTGAT	2	12	2889	2900	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384358979
64	NC_017176	A	6	6	2901	2906	100 %	0 %	0 %	0 %	384358979
65	NC_017176	AT	3	6	2967	2972	50 %	50 %	0 %	0 %	384358980
66	NC_017176	ATC	2	6	3002	3007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358980
67	NC_017176	ATT	2	6	3059	3064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358980
68	NC_017176	AAGAA	2	10	3094	3103	80 %	0 %	20 %	0 %	384358980
69	NC_017176	GCG	2	6	3117	3122	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384358980
70	NC_017176	GAA	2	6	3218	3223	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358980
71	NC_017176	AT	4	8	3249	3256	50 %	50 %	0 %	0 %	384358980
72	NC_017176	GA	3	6	3290	3295	50 %	0 %	50 %	0 %	384358980
73	NC_017176	AAG	2	6	3382	3387	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358981
74	NC_017176	A	6	6	3459	3464	100 %	0 %	0 %	0 %	384358981
75	NC_017176	GAA	2	6	3472	3477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358981
76	NC_017176	TTG	2	6	3503	3508	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358981
77	NC_017176	ATG	2	6	3539	3544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358981
78	NC_017176	TGG	2	6	3561	3566	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384358981
79	NC_017176	ATT	2	6	3568	3573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358981
80	NC_017176	A	6	6	3605	3610	100 %	0 %	0 %	0 %	384358981
81	NC_017176	ATTT	2	8	3641	3648	25 %	75 %	0 %	0 %	384358981
82	NC_017176	GGT	2	6	3657	3662	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384358981
83	NC_017176	A	6	6	3710	3715	100 %	0 %	0 %	0 %	384358982
84	NC_017176	ATAGAT	2	12	3723	3734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384358982
85	NC_017176	TTA	2	6	3739	3744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358982
86	NC_017176	ATA	2	6	3751	3756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358982
87	NC_017176	GAG	2	6	3768	3773	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358982
88	NC_017176	T	7	7	3779	3785	0 %	100 %	0 %	0 %	384358982
89	NC_017176	A	6	6	3878	3883	100 %	0 %	0 %	0 %	384358982
90	NC_017176	TAAAT	2	10	3884	3893	60 %	40 %	0 %	0 %	384358982
91	NC_017176	A	6	6	3919	3924	100 %	0 %	0 %	0 %	384358982
92	NC_017176	AACT	2	8	4012	4019	50 %	25 %	0 %	25 %	384358982
93	NC_017176	GAA	2	6	4044	4049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358982
94	NC_017176	A	6	6	4211	4216	100 %	0 %	0 %	0 %	384358983
95	NC_017176	GGA	2	6	4244	4249	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358983
96	NC_017176	ATT	2	6	4261	4266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358983
97	NC_017176	TA	3	6	4284	4289	50 %	50 %	0 %	0 %	384358983
98	NC_017176	TCC	2	6	4316	4321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384358983
99	NC_017176	GAT	2	6	4365	4370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358983
100	NC_017176	GAA	3	9	4422	4430	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358983
101	NC_017176	GA	3	6	4469	4474	50 %	0 %	50 %	0 %	384358983
102	NC_017176	ATA	2	6	4477	4482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358983
103	NC_017176	CAG	2	6	4516	4521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358983
104	NC_017176	TAA	2	6	4534	4539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358983
105	NC_017176	TTGAAG	2	12	4558	4569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358983
106	NC_017176	A	6	6	4572	4577	100 %	0 %	0 %	0 %	384358983
107	NC_017176	ATAA	2	8	4713	4720	75 %	25 %	0 %	0 %	384358983
108	NC_017176	TAA	2	6	4735	4740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358983
109	NC_017176	ACA	2	6	4785	4790	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358983
110	NC_017176	AT	3	6	4810	4815	50 %	50 %	0 %	0 %	384358983
111	NC_017176	GTTG	2	8	4829	4836	0 %	50 %	50 %	0 %	384358983
112	NC_017176	A	7	7	4866	4872	100 %	0 %	0 %	0 %	384358983
113	NC_017176	A	6	6	4880	4885	100 %	0 %	0 %	0 %	384358983
114	NC_017176	TA	3	6	4887	4892	50 %	50 %	0 %	0 %	384358983
115	NC_017176	ATA	2	6	4915	4920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358983
116	NC_017176	TTG	2	6	4933	4938	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358983
117	NC_017176	CAA	2	6	4993	4998	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358983
118	NC_017176	AATT	2	8	5003	5010	50 %	50 %	0 %	0 %	384358983
119	NC_017176	GAA	2	6	5064	5069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358983
120	NC_017176	CAA	2	6	5070	5075	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358983
121	NC_017176	ATTAA	2	10	5121	5130	60 %	40 %	0 %	0 %	384358983
122	NC_017176	AAT	2	6	5213	5218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358984
123	NC_017176	ATG	2	6	5259	5264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358984
124	NC_017176	AGA	2	6	5303	5308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358984
125	NC_017176	ATTT	2	8	5377	5384	25 %	75 %	0 %	0 %	384358984
126	NC_017176	TAA	2	6	5455	5460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358984
127	NC_017176	TGA	2	6	5522	5527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358984
128	NC_017176	AGG	2	6	5626	5631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358984
129	NC_017176	ATT	2	6	5660	5665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358985
130	NC_017176	A	6	6	5721	5726	100 %	0 %	0 %	0 %	384358985
131	NC_017176	GAT	2	6	5730	5735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358985
132	NC_017176	TGA	2	6	5777	5782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358985
133	NC_017176	GAAT	2	8	5788	5795	50 %	25 %	25 %	0 %	384358985
134	NC_017176	AATAC	2	10	5853	5862	60 %	20 %	0 %	20 %	384358985
135	NC_017176	A	7	7	5936	5942	100 %	0 %	0 %	0 %	384358985
136	NC_017176	TAA	2	6	5984	5989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358985
137	NC_017176	A	7	7	6018	6024	100 %	0 %	0 %	0 %	384358985
138	NC_017176	AAAG	2	8	6030	6037	75 %	0 %	25 %	0 %	384358985
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